病院M&Aを検討するとき、多くの経営者がまず気にするのが「手取りはいくら残るのか」「税金はどのくらいかかるのか」という点です。しかし病院・医療法人のM&Aは、株式会社のM&Aとは制度も課税関係も大きく異なります。医療法人は剰余金の配当が禁止された非営利法人であり、株式譲渡という手段が使えないため、採用するスキーム（出資持分譲渡・事業譲渡・合併）によって課税される税目も税負担の考え方もまったく変わってきます。
さらに「持分あり医療法人」の場合、長年の内部留保によって出資持分の評価額が高騰し、相続・承継の局面で多額の相続税・贈与税が問題になるケースが少なくありません。近年はこの負担を軽減する「認定医療法人制度」の期限延長など、制度面の動きも続いています。
この記事では、病院M&Aにおける税金の全体像を、スキーム別の課税関係・出資持分と相続税の論点・認定医療法人制度による納税猶予/免除・税負担最適化の考え方の順に、一次情報にもとづいて整理します。個々の税率や税額は案件ごとの事情で大きく変わるため、本記事は「考え方の地図」としてご活用ください。
POINT病院M&Aの税金は「どのスキームを使うか」でまず決まります。出資持分の譲渡なら持分を手放す個人・法人に課税、事業譲渡なら譲渡する医療法人側に法人税等・消費税の論点が生じます。持分あり医療法人では出資持分の評価高騰による相続税リスクがあり、「認定医療法人制度」を使えば相続税・贈与税の納税猶予、最終的な持分放棄で免除という道もあります（認定期限は令和11年12月31日まで延長）。具体的な税額は個別事情で大きく異なるため、必ず税理士等の専門家に相談してください。
病院M&Aの税金はスキームで変わる
病院・医療法人のM&Aを考えるうえで最初に押さえるべきなのは、「株式会社のM&Aと同じ発想は使えない」という点です。医療法人は非営利法人で剰余金の配当が禁止されており、株式会社で一般的な株式譲渡・株式交換・株式移転といった手法をそのまま用いることができません（出典：医療法）。
そのため医療法人のM&Aで採られる主なスキームは、次の3つに整理できます。
- 出資持分譲渡（＋社員・役員の交代）… 持分あり医療法人で、出資者が保有する出資持分を買い手に譲渡する
- 事業譲渡 … 病院という事業（不動産・設備・スタッフ・診療報酬債権など）を個別に譲渡する
- 合併 … 買い手側の医療法人が対象法人を吸収合併する（都道府県知事の認可が必要）
そして重要なのは、このスキームの違いが、そのまま「誰に・どの税目で課税されるか」の違いになるということです。
スキーム別・課税の主体と主な税目
| スキーム | 課税される主体 | 主に関係する税目 |
|---|---|---|
| 出資持分譲渡 | 持分を手放す出資者（個人／法人） | 個人＝譲渡所得への所得税等／法人＝法人税等 |
| 事業譲渡 | 事業を譲渡する医療法人 | 法人税等、消費税 |
| 合併 | 法人（要件により課税繰延の可否が分かれる） | 法人税等（適格・非適格で異なる） |
同じ「病院を譲る」という行為でも、手取り額に効いてくる税金の中身はスキームによって別物です。売り手・買い手それぞれにとって有利不利が変わるため、初期段階でスキームと税務を一体で検討することが欠かせません。M&A全般の税金の基礎についてはM&Aにかかる税金｜法人税・所得税の基礎もあわせてご確認ください。
出資持分譲渡の課税
持分あり医療法人のM&Aで中心となるのが、出資持分の譲渡です。まず前提として「出資持分」とは何かを整理します。
出資持分（持分あり医療法人）
平成19年の医療法改正前に設立された多くの医療法人は、出資者が「出資持分」を持つ「持分あり医療法人（経過措置型医療法人）」です。改正後は原則として持分のない医療法人しか設立できませんが、既存の持分あり医療法人は経過措置として存続しており、出資持分の譲渡が可能です。出資持分の詳しい仕組みは医療法人の出資持分とはで解説しています。
個人が出資持分を譲渡する場合
理事長など個人の出資者が出資持分を第三者に譲渡した場合、その譲渡益は原則として譲渡所得として課税される考え方になります。譲渡所得は、おおまかには「譲渡価額 −（取得費＋譲渡費用）」で計算した利益に対して課税されます。
ここでポイントになるのが、多くの持分あり医療法人では、設立時の出資額（＝取得費の基礎）が現在の評価額に比べて著しく小さいことです。長年の利益の積み上げで持分の評価額が大きくなっている一方、取得費は当初の出資額のままであるため、譲渡益が大きくなりやすい構造にあります。
税率・税額は断定できません
譲渡所得への課税は、所得の区分や他の所得との関係、適用される特例の有無などによって実際の負担が変わります。本記事では特定の税率・税額を示すことは避けます。ご自身のケースでの税負担は、必ず税理士に個別試算を依頼してください。
法人が出資持分を保有・譲渡する場合
出資持分を個人ではなく法人（例えば持株的な会社や別法人）が保有しているケースもあります。この場合、持分の譲渡益は個人の譲渡所得ではなく、その保有法人の法人税等の課税対象（益金）として、他の損益と通算されたうえで課税される考え方になります。
つまり「誰が持分を持っているか（個人か法人か）」によって、適用される税目そのものが変わります。同じ持分でも、個人が持つ場合と法人が持つ場合で税負担の設計が異なるため、承継の初期段階で保有主体を確認することが重要です。
なお、出資持分の評価は相続税・贈与税の局面でも用いられ、譲渡価額の妥当性や課税リスクの検討に直結します。評価額の考え方は次章以降で詳しく扱います。
事業譲渡の課税
持分なし医療法人や、法人格ではなく事業だけを移したい場合には、事業譲渡というスキームが使われます。事業譲渡は、病院という事業を構成する資産（不動産・医療機器・在庫・診療報酬債権など）や契約関係を個別に買い手へ移転する取引です。
法人税等（譲渡する医療法人側）
事業譲渡では、譲渡する医療法人に譲渡益が生じれば、その利益は法人の所得としてほかの損益と合算され、法人税等の課税対象になる考え方です。出資持分譲渡が「持分を手放す出資者」に課税されるのに対し、事業譲渡は「事業を売る法人そのもの」に課税される点が大きな違いです。
売り手側から見ると、法人に残った譲渡対価をさらに個人へ移す（役員退職金や解散に伴う分配など）段階で追加の課税が生じ得るため、「法人段階」と「個人段階」の二段階で税負担を見積もる必要があります。
消費税の論点
事業譲渡で見落とされやすいのが消費税です。事業譲渡は、資産を個別に売買する取引として消費税の課税・非課税を資産ごとに判定する必要があります。一般に、建物や医療機器などの課税資産の譲渡は消費税の課税対象となり、一方で土地の譲渡などは非課税とされるなど、対象資産の性質によって扱いが分かれます。
消費税は譲渡対価の内訳で負担が変わります
同じ総額でも、課税資産（建物・設備等）と非課税資産（土地等）への価格の割り付け方によって消費税額が変動します。契約上の対価配分は税負担に直結するため、税理士を交えた設計が不可欠です。医療は保険診療部分が非課税売上となる点も、仕入税額控除の観点で論点になります。
事業譲渡にかかる税金の全体像は事業譲渡にかかる税金で個別に整理しています。あわせてご参照ください。
持分あり医療法人の出資持分と相続税
病院M&A・承継の税務で最も深刻な論点になりやすいのが、持分あり医療法人における相続税・贈与税です。M&Aによる第三者への譲渡だけでなく、親族内承継や相続の局面でも避けて通れません。
なぜ出資持分の評価額が高騰するのか
医療法人は非営利法人であり、剰余金の配当が禁止されています（出典：医療法）。株式会社であれば利益を配当として社外に出せますが、医療法人ではそれができないため、毎期の利益が法人内部に留保され続けます。
この内部留保の積み上がりが、そのまま出資持分の評価額を押し上げます。結果として、次のような連鎖が起こりがちです。
- 配当ができず、利益が法人内部に蓄積される
- 内部留保が膨らみ、出資持分の評価額が高騰する
- 相続・贈与の際、高い評価額をもとに相続税・贈与税が課される
- しかし持分は容易に換金できず、納税資金の確保が難しい
「評価は高いのに現金がない」という納税リスク
出資持分の評価額が高くても、その持分自体はすぐに現金化できるとは限りません。相続人が多額の相続税だけを負い、納税資金を用意できないという事態は、持分あり医療法人で現実に起こり得るリスクです。早期の対策検討が重要になります。
こうした背景から、持分あり医療法人では「M&Aによる第三者承継」と「持分なしへの移行」のいずれを選ぶにしても、出資持分の評価と税負担を前提にした計画づくりが欠かせません。
認定医療法人制度による相続税・贈与税の納税猶予・免除
前章で見た出資持分の相続税・贈与税負担を軽減するために設けられているのが、認定医療法人制度です。持分あり医療法人が「持分なし医療法人」へ移行する計画を国が認定する仕組みで、税制上の優遇が受けられます。
認定医療法人制度
持分あり医療法人が持分なし医療法人へ移行するための計画を国（厚生労働省）が認定する制度です。認定を受けると、医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予が受けられ、最終的に出資者が持分を放棄することで猶予されていた税額が免除されます（出典：厚生労働省、財務省）。
制度の中身と最近の期限延長
認定医療法人制度の税制面のポイントと、近年の制度改正による期限の取り扱いは次のとおりです。
- 納税猶予：移行計画の認定を受けた医療法人について、医業継続に係る相続税・贈与税の納税が猶予されます（出典：厚生労働省、財務省）。
- 免除：出資者が出資持分を放棄することにより、猶予されていた税額が免除されます（出典：厚生労働省、財務省）。
- 移行完了期限の緩和：持分なしへの移行を完了させるまでの期限が、従来の3年から5年に緩和されています（出典：厚生労働省、財務省）。
- 認定期限の延長：制度の認定を受けられる期限が、令和8年（2026年）12月31日から令和11年（2029年）12月31日まで3年延長されました（令和8年度税制改正）（出典：厚生労働省、財務省）。
POINT認定医療法人制度は「持分を放棄して持分なしへ移行する」ことを前提に、その過程で生じる相続税・贈与税の負担を猶予・免除する制度です。M&Aで第三者へ持分を譲渡する道とは方向性が異なりますが、承継の選択肢を検討するうえで重要な制度です。認定期限が令和11年末まで延長されたことで、検討・準備の時間的猶予が広がりました。
制度の適用には要件と手続きがあります
認定医療法人制度の適用には、移行計画の認定や運営に関する一定の要件を満たす必要があり、要件を欠くと猶予・免除が受けられない場合があります。自法人が対象になるか、どのスケジュールで進めるべきかは、税理士・専門家と早めに確認してください。
節税・税負担最適化の考え方
病院M&Aの税負担は、スキームの選択と、それに付随する一般的な手法の組み合わせによって変わってきます。ここでは代表的な「考え方」を紹介します。いずれも個別事情によって適否が分かれるため、実行前には必ず専門家の確認が必要です。
スキーム選択そのものが第一の検討事項
これまで見てきたとおり、出資持分譲渡・事業譲渡・合併では課税の主体も税目も異なります。売り手の手取り、買い手の取得コスト、承継後の運営のしやすさを総合的に見て、どのスキームが全体最適かを検討することが、税負担最適化の出発点です。
役員退職金の活用
理事長・役員の退任にあたって支給される役員退職金は、承継対価の一部を退職金という形で受け取る一般的な手法として知られています。退職所得は他の所得と区分して扱われるなど、給与等とは異なる取り扱いがあるため、対価の受け取り方を設計するうえで検討対象になります。ただし、不相当に高額な部分は損金として認められない場合があるなど、金額の妥当性が問われる点に注意が必要です。
段階的な譲渡・承継
一度にすべてを譲渡するのではなく、時間をかけて段階的に持分・経営権を移していく手法も考えられます。承継の円滑化や引き継ぎの確実性という観点だけでなく、税負担の平準化の観点から検討されることがあります。
「節税ありき」は禁物です
これらはあくまで一般的な考え方であり、実際に有効か・適法かは案件ごとの事情によって大きく異なります。形式だけを整えた過度な節税は、税務上否認されるリスクや、M&A自体の成立を損なうリスクを伴います。税負担の最適化は、税理士・M&A専門家と一体で、事業の実態にもとづいて設計してください。
医療法人M&A全体の流れやスキーム選定の考え方は、病院・クリニックM&Aの解説ページにまとめています。税務とあわせて全体像を確認しておくと、専門家への相談もスムーズになります。
よくある質問
病院M&Aでは株式譲渡は使えないのですか？
医療法人は非営利法人で剰余金の配当が禁止されており、株式会社の株式譲渡・株式交換・株式移転といった手法は使えません（出典：医療法）。医療法人で採られる主なスキームは、出資持分譲渡・事業譲渡・合併の3つです。運営主体が株式会社である介護・ホスピス系の事業とは前提が異なる点に注意が必要です。
出資持分を譲渡したときの税金は誰にかかりますか？
出資持分を手放す出資者にかかります。個人が譲渡する場合は原則として譲渡所得への課税の考え方、法人が保有・譲渡する場合はその法人の法人税等の課税対象になる考え方です。「誰が持分を持っているか」で税目が変わるため、まず保有主体を確認することが大切です。具体的な税額は個別事情で変わるため、税理士に試算を依頼してください。
事業譲渡では消費税がかかりますか？
事業譲渡は資産を個別に売買する取引として、資産ごとに消費税の課税・非課税を判定します。建物や医療機器などの課税資産の譲渡は課税対象となる一方、土地の譲渡などは非課税とされます。対価をどの資産にどう割り付けるかで消費税額が変わるため、契約段階から専門家を交えた設計が重要です。
認定医療法人制度を使うといくら税金が安くなりますか？
金額は各法人の出資持分の評価額や状況によって大きく異なるため、一律には言えません。制度の枠組みとしては、医業継続に係る相続税・贈与税の納税が猶予され、出資持分を放棄することで猶予税額が免除されます（出典：厚生労働省、財務省）。認定を受けられる期限は令和11年（2029年）12月31日まで延長されています。適用可否と効果は必ず専門家に確認してください。
M&Aの前にやっておくべき税務対策はありますか？
まずは自法人が持分ありか持分なしか、出資持分を誰が保有しているか、内部留保の状況と概算の評価額を把握することが出発点です。そのうえで、譲渡・移行・相続のどの方向に進むかによって取るべき対策が変わります。時間的猶予があるほど選べる手段が増えるため、早めに専門家へ相談することをおすすめします。
まとめ
病院M&Aの税金は、まず「どのスキームを使うか」で課税の主体も税目も変わります。要点を整理します。
- 医療法人は株式譲渡が使えず、出資持分譲渡・事業譲渡・合併が主なスキーム。スキームで課税関係が変わる。
- 出資持分譲渡は、個人＝譲渡所得課税の考え方、法人保有＝法人税等と、保有主体で税目が変わる。
- 事業譲渡は、譲渡する法人に法人税等が生じ、消費税は資産ごとの判定と対価配分が論点。
- 持分あり医療法人は配当禁止による内部留保で出資持分の評価が高騰し、相続税リスクを抱えやすい。
- 認定医療法人制度なら相続税・贈与税の納税猶予、持分放棄で免除。移行期限は3→5年、認定期限は令和11年12月31日まで延長（出典：厚生労働省、財務省）。
- 節税は「スキーム選択・退職金・段階的譲渡」などの一般的手法があるが、節税ありきは禁物。
実際の税務は個別事情により異なります
本記事は税金の全体像を整理したものであり、個々の税率・税額を保証するものではありません。実際の税負担は、法人の類型・出資持分の評価・所得の状況・適用可能な特例などによって大きく変わります。必ず税理士等の専門家に個別の相談を行ってください。
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