事業承継やM&Aの手法として広く活用される事業譲渡ですが、そのプロセスで避けて通れないのが「税金」の問題です。事業譲渡では、売り手と買い手の双方に、法人税や所得税、消費税など複数の税金が課される可能性があり、その計算は非常に複雑です。税金の知識が不足したまま進めてしまうと、「想定外の納税で手元資金が大幅に減ってしまった」「税務調査で指摘を受けた」といった深刻な事態に陥りかねません。本記事では、事業譲渡にかかる税金について、売り手・買い手の立場、そして法人・個人事業主の別で、誰にでも理解できるよう計算方法や具体的な節税対策を徹底的に解説します。
事業譲渡の税金｜売り手・買い手別に計算方法や節税対策を完全ガイド
事業譲渡でかかる税金の一覧【売り手・買い手別】
事業譲渡では、事業を売却する「売り手（譲渡側）」と、事業を買い取る「買い手（譲受側）」のそれぞれに異なる種類の税金が課されます。まずは、どのような税金が発生するのか、全体像を把握しましょう。
| 立場 | 課される可能性のある主な税金 |
|---|---|
| 売り手（譲渡側） | 【法人の場合】 ・法人税等（法人税、地方法人税、法人住民税、事業税） ・消費税 【個人事業主の場合】 ・所得税 ・復興特別所得税 ・住民税 ・消費税 |
| 買い手（譲受側） | ・消費税 ・不動産取得税 ・登録免許税 |
このように、売り手は事業を売却して得た利益に対して、買い手は取得した資産に対して、それぞれ税金が課されるのが基本構造です。特に消費税は、売り手と買い手の双方に関わる重要な税金となります。次の章から、それぞれの立場ごとに詳しく解説していきます。
売り手（譲渡側）にかかる税金
売り手側にかかる税金は、事業を譲渡して得た利益、すなわち「譲渡益」が計算の基礎となります。法人が売るのか、個人事業主が売るのかによって、かかる税金の種類と税率が大きく異なります。
- 法人の場合: 譲渡益は他の事業利益と合算され、法人税等の課税対象となります。
- 個人事業主の場合: 譲渡益は譲渡所得として、他の所得と合算して所得税や住民税が課税されます。
また、譲渡する資産に課税資産（建物、機械、車両、のれんなど）が含まれている場合、消費税の納税義務も発生します。
買い手（譲受側）にかかる税金
買い手側は、事業を構成する資産を個別に取得したとみなされるため、取得した資産の種類に応じて税金がかかります。
- 消費税: 売り手と同様に、課税資産を取得した対価に対して消費税を支払う必要があります。ただし、支払った消費税は、原則として自社の消費税申告時に仕入税額控除の対象となります。
- 不動産取得税: 譲渡対象に土地や建物などの不動産が含まれている場合に課税されます。
- 登録免許税: 取得した不動産の所有権移転登記を行う際に課税されます。
事業譲渡の税金【売り手側】法人・個人別に解説
ここからは、売り手側にかかる税金について、法人と個人事業主のケースに分けて、より具体的に見ていきましょう。
法人が売り手の場合にかかる税金
法人が事業の一部または全部を譲渡した場合、主に「法人税」と「消費税」の2つの税金が問題となります。
法人税（譲渡益に対して課税）
事業譲渡によって得た利益（譲渡益）は、その法人の益金として扱われ、他の事業活動で得た所得と合算されます。その合計額に対して、法人税、地方法人税、法人住民税、事業税といった「法人税等」が課税されます。
譲渡益の計算式:
譲渡益 = 譲渡価額（売却価格） - 譲渡資産の簿価
例えば、1億円で事業を譲渡し、その事業に含まれる資産の帳簿上の価値（簿価）が3,000万円だった場合、譲渡益は7,000万円となります。この7,000万円が、その期の他の利益と合算されて課税対象となるのです。
法人税等の実効税率は、企業の規模や所在地によって異なりますが、概ね30%～34%程度です。したがって、多額の譲渡益が出た場合、その約3分の1が税金として徴収されると想定しておく必要があります。
消費税（課税資産の譲渡に対して課税）
事業譲渡の対象となる資産のうち、消費税の課税対象となる「課税資産」を譲渡した場合、その対価に対して消費税が課されます。売り手である法人は、買い手から消費税を預かり、国に納税する義務を負います。
主な課税資産と非課税資産の例
| 課税資産（消費税がかかる） | 非課税資産（消費税がかからない） |
|---|---|
| ・建物 | ・土地 |
| ・機械装置、工具器具備品 | ・有価証券（株式など） |
| ・車両運搬具 | ・売掛金、貸付金などの債権 |
| ・ソフトウェアなどの無形固定資産 | |
| ・のれん（営業権） |
土地は非課税である一方、建物や「のれん」は課税対象となる点が非常に重要です。事業譲渡契約を結ぶ際には、どの資産にいくらの対価が支払われるのかを明確に区分しておかないと、税務調査でトラブルになる可能性があるため注意が必要です。
個人事業主が売り手の場合にかかる税金
個人事業主が事業を譲渡した場合、税金のかかり方は「何を売ったか」で変わります。事業譲渡は、事業を構成する資産をまとめて譲る取引ですが、税務上は資産の種類ごとに所得区分や計算が分かれるのが一般的です。
たとえば、土地・建物のような資産は譲渡所得として扱われることが多い一方、棚卸資産や減価償却資産、営業権（のれん）などは事業所得として扱われることがあります。したがって「事業譲渡＝譲渡所得」と決め打ちせず、資産ごとの内訳を前提に税額を見積もる必要があります。
所得税（譲渡所得に対して課税）
個人事業主の事業譲渡による所得は、総合課税の「譲渡所得」に分類されます。これは、給与所得や事業所得など他の所得と合算して、所得税を計算する方式です。
譲渡所得の計算式:
「土地・建物など譲渡所得として扱われる資産がある場合、譲渡所得は一般に『譲渡価額−（取得費＋譲渡費用）』で計算し、要件を満たすと特別控除が適用されることがあります。」
- 取得費: 譲渡した資産を購入したときの価額や費用です。
- 譲渡費用: 事業譲渡のために直接かかった仲介手数料などの費用です。
- 特別控除: 譲渡益から最大50万円を差し引くことができる制度です。
計算された譲渡所得は、他の所得と合算された後、所得税の累進課税率（5%～45%）が適用されます。所得が多ければ多いほど、高い税率が適用される仕組みです。
消費税（課税資産の譲渡に対して課税）
これは法人の場合と考え方は同じです。個人事業主が課税事業者である場合、譲渡する資産に建物や機械、のれんなどの課税資産が含まれていれば、その対価に対して消費税が課されます。買い手から消費税を預かり、確定申告時に納税する必要があります。
住民税
所得税の計算基礎となった課税所得金額に対して、一律10%の住民税が課されます。所得税の確定申告を行えば、その情報が市区町村に連携されるため、別途住民税の申告を行う必要は基本的にありません。
復興特別所得税
所得税額に対して、2.1%の復興特別所得税が追加で課されます。これも所得税とあわせて納付します。
事業譲渡の税金【買い手側】
次に、事業を譲り受ける買い手側にかかる税金について解説します。買い手は資産を取得する立場として、主に3つの税金に注意が必要です。
消費税（課税資産の譲り受け）
売り手側の解説でも触れた通り、買い手は課税資産の対価と一緒に消費税を売り手に支払います。しかし、この支払った消費税は、自社の消費税申告において「仕入税額控除」の対象となります。
つまり、課税売上にかかる消費税額から、課税仕入れにかかる消費税額（事業譲渡で支払った消費税も含む）を差し引いて納税額を計算するため、原則として買い手側の最終的な税負担にはなりません。ただし、一時的なキャッシュアウトは発生するため、資金繰りには注意が必要です。
不動産取得税（不動産を承継した場合）
譲渡対象の資産に土地や建物などの不動産が含まれている場合、買い手には不動産取得税が課されます。税額は、原則として不動産の固定資産税評価額に一定の税率（標準税率4%、ただし土地及び住宅は特例で3%）を乗じて計算されます。
登録免許税（不動産の所有権移転登記）
不動産を取得した場合、その所有権を第三者に対抗するためには法務局で所有権移転登記を行う必要があります。この登記手続きの際に、登録免許税が課されます。税額は、不動産の固定資産税評価額に一定の税率（土地の売買は1.5%、建物の売買は2.0% ※軽減措置あり）を乗じて計算されます。
事業譲渡の税金計算方法とシミュレーション
言葉の説明だけでは、実際の税額をイメージしにくいかもしれません。ここでは、具体的な数値を使いながら、税金の計算シミュレーションを行ってみましょう。
譲渡益（譲渡所得）の計算方法
シミュレーションの前に、最も基本となる「譲渡益（譲渡所得）」の計算方法を再確認します。これがすべての税金計算のスタート地点です。
- 法人:
譲渡益 = 譲渡価額 - 譲渡資産の簿価 - 個人:
譲渡所得 = 譲渡価額 - (取得費 + 譲渡費用) - 特別控除50万円
今回は、以下のモデルケースでシミュレーションを行います。
【シミュレーションの前提条件】
- 譲渡価額: 1億円
- 譲渡資産の内訳と簿価（取得費）:
- 土地: 簿価2,000万円
- 建物: 簿価500万円
- 機械装置: 簿価300万円
- のれん: 簿価0円（自己創設のれん）
- 合計簿価: 2,800万円
- 譲渡費用（仲介手数料など）: 500万円（個人の場合のみ考慮）
- 法人税等の実効税率: 30%
- 個人事業主の他の所得: 1,000万円（譲渡所得と合算）
法人税の計算シミュレーション
法人がこの事業を譲渡した場合の法人税を計算します。
- 譲渡益の計算
譲渡益 = 1億円（譲渡価額） – 2,800万円（合計簿価） = 7,200万円 - 法人税等の計算
法人税等 = 7,200万円（譲渡益） × 30%（実効税率） = 2,160万円
このケースでは、譲渡益7,200万円に対して、約2,160万円の法人税等が課されることになります。もちろん、この事業年度に他の事業で赤字があれば、譲渡益と相殺（損益通算）することが可能です。
所得税の計算シミュレーション
同じ条件で、個人事業主が譲渡した場合の所得税等を計算します。
- 譲渡所得の計算
譲渡所得 = 1億円（譲渡価額） – (2,800万円（取得費） + 500万円（譲渡費用）) – 50万円（特別控除） = 6,650万円 - 課税所得の合計額の計算
課税所得合計 = 6,650万円（譲渡所得） + 1,000万円（他の所得） = 7,650万円 - 所得税・復興特別所得税・住民税の計算
課税所得7,650万円の場合、所得税の最高税率45%が適用されます。- 所得税: 7,650万円 × 45% – 4,796,000円（控除額） = 29,629,000円
- 復興特別所得税: 29,629,000円 × 2.1% ≒ 622,200円
- 住民税: 7,650万円 × 10% = 7,650,000円
- 合計税額: 29,629,000 + 622,200 + 7,650,000 = 約3,790万円
このように、同じ譲渡価額でも、個人事業主の場合は累進課税が適用されるため、法人よりも税負担が重くなるケースが多く見られます。
消費税の計算シミュレーション
消費税は、譲渡価額1億円のうち、課税資産にいくら配分されるかで決まります。契約書で資産ごとの価額を明記することが重要です。
【資産ごとの価額の内訳（契約で合意）】
- 土地（非課税）: 3,000万円
- 建物（課税）: 2,000万円
- 機械装置（課税）: 1,000万円
- のれん（課税）: 4,000万円
- 合計: 1億円
- 課税対象額の計算
課税対象額 = 2,000万円（建物） + 1,000万円（機械） + 4,000万円（のれん） = 7,000万円 - 消費税額の計算
消費税額 = 7,000万円 × 10% = 700万円
この場合、売り手は買い手から1億700万円を受け取り、700万円を消費税として納税します。買い手は700万円を支払いますが、仕入税額控除により後で還付または相殺されます。
のれん（営業権）の税務上の取り扱い
シミュレーションでも登場した「のれん」は、税務上非常に重要なポイントです。
のれんとは、企業のブランド力、技術力、顧客リストといった目に見えない価値（超過収益力）を金額で評価したものです。
- 売り手側: のれんの売却額は、課税資産として消費税の対象となります。また、簿価が0円（自己創設のれんの場合）のため、売却額のほぼ全額が譲渡益となり、法人税または所得税の課税対象となります。
- 買い手側: 支払ったのれんの対価は資産として計上し、税務上、5年間で均等に償却（費用化）することができます。この償却費は損金として扱われるため、法人税の節税につながります。
事業譲渡の税金対策｜効果的な節税スキーム
多額の税金が発生しうる事業譲渡では、適切なタックスプランニングが手残りを大きく左右します。ここでは、売り手・買い手それぞれの立場で考えられる代表的な節税対策を紹介します。
売り手側の税金対策・節税方法
売り手側は、いかにして課税対象となる「譲渡益」を圧縮するかがポイントになります。
役員退職慰労金を支給して譲渡益を圧縮する
法人が事業譲渡を行う場合、そのタイミングで経営者である役員が退任し、役員退職慰労金を支給する方法があります。この退職金は、法人の損金として認められるため、事業譲渡で発生した譲渡益と相殺することができます。
例えば、譲渡益が7,200万円出たとしても、5,000万円の役員退職金を支給すれば、課税対象となる所得を2,200万円まで圧縮できます。
さらに、退職金を受け取った役員個人にとっても、退職所得は給与所得などに比べて税制上優遇されている（退職所得控除が大きい、分離課税など）ため、大きな節税メリットがあります。ただし、不相当に高額な退職金は税務署から否認されるリスクがあるため、金額の算定には注意が必要です。
株式譲渡スキームを検討する
もし会社全体を売却することに合意できるのであれば、事業譲渡ではなく株式譲渡という手法を検討する価値があります。
- 事業譲渡（個人）: 譲渡所得として総合課税。税率は最大で約55%（所得税＋住民税＋復興特別所得税）。
- 株式譲渡: 譲渡益に対して一律20.315%（所得税15%、住民税5%、復興特別所得税0.315%）の申告分離課税。
譲渡益が大きくなるほど、株式譲渡のほうが税率上有利になります。また、株式譲渡は会社そのものを売買するため、個別の資産移転手続きやそれに伴う消費税課税がない点もメリットです。ただし、買い手にとっては不要な資産や簿外債務を引き継ぐリスクがあるため、両者の交渉が必要になります。
譲渡対価を分割で受け取る
譲渡対価の支払いを分割にしても、税金が分割された年に自動的に分散されるとは限りません。多くのケースでは、課税のタイミングは「引渡し」や「権利の移転」の時点で決まります。
そのため、分割払いは資金繰りの面では有効でも、「税率を下げるための手段」として使えるかどうかは別問題です。実際に税負担がどう動くかは、契約条件と資産の内訳を前提に税理士と事前に確認するのが安全です。
買い手側の税金対策・節税方法
買い手側は、将来の税負担を軽減するための対策が中心となります。
課税資産と非課税資産の対価を明確にする
事業譲渡契約書において、譲渡対価の総額だけでなく、土地（非課税）、建物（課税）、のれん（課税）など、資産ごとの価額を合理的な根拠に基づいて明記することが重要です。
もし価額が不明確な場合、税務署が買い手にとって不利な（＝課税資産の価額が高い）評価をする可能性があります。対価を明確にすることで、余計な消費税負担や税務調査のリスクを回避できます。
のれんの償却による損金算入
前述の通り、買い手が支払ったのれんは、5年間で償却し損金に算入できます。これにより、買収後の5年間の法人税負担を軽減する効果があります。
事業譲渡の対価のうち、のれんの割合をいくらに設定するかは、売り手の税負担（のれんは全額が譲渡益になりやすい）と買い手の節税効果（のれんは償却できる）がトレードオフの関係にあります。両者の税務メリットを考慮しながら、交渉で落としどころを見つけることが肝要です。
事業譲渡における税務処理と手続きの流れ
事業譲渡が完了したら、それで終わりではありません。売り手・買い手それぞれが、定められた期限内に適切な税務処理と申告・納税を行う必要があります。
売り手側の税務処理・確定申告
- 法人: 事業譲渡による譲渡益を、その事業年度の所得に含めて法人税の確定申告を行います。申告期限は、事業年度終了の日の翌日から2ヶ月以内です。消費税についても同様に、課税期間の末日の翌日から2ヶ月以内に申告・納税します。
- 個人事業主: 事業譲渡があった年の翌年、2月16日から3月15日までの間に、譲渡所得を他の所得と合算して所得税の確定申告を行います。消費税の申告期限は、翌年の3月31日までです。
買い手側の税務処理
- 消費税: 支払った消費税は、仕入税額控除の対象として会計処理し、自社の消費税申告に反映させます。なお、支払った消費税が仕入税額控除できるかは、買い手が課税事業者か、簡易課税か、非課税売上の割合などによって変わります。控除できない（または一部しかできない）場合、消費税が実質コストになる点に注意が必要です。
- 固定資産: 取得した建物や機械などは固定資産として資産計上し、減価償却を通じて各事業年度の費用としていきます。のれんも同様に5年で償却します。
- 不動産取得税・登録免許税: 不動産を取得した場合、都道府県税事務所への申告や法務局での登記手続きに伴い、それぞれの税金を納付します。
税務リスクと注意点
事業譲渡における税務で最も注意すべきは、譲渡対価の配分です。特に「のれん」の評価額は、客観的な算定根拠が乏しい場合、税務調査で指摘を受けやすいポイントです。不当にのれんを高く、あるいは低く設定していると判断された場合、更正処分を受け、追加の税金（過少申告加算税や延滞税など）が発生するリスクがあります。
このようなリスクを避けるためにも、M&Aの専門家や税理士に相談し、第三者の視点から見ても妥当な価額算定と契約書の作成を行うことが不可欠です。
事業譲渡と株式譲渡の税金の違いを比較
節税対策の項でも触れましたが、事業譲渡と株式譲渡では税金の取り扱いが大きく異なります。どちらのスキームを選択するかは、税金面で非常に重要な判断となります。
| 比較項目 | 事業譲渡 | 株式譲渡 |
|---|---|---|
| 課税対象 | 【売り手】 ・法人：譲渡益（法人所得） ・個人：譲渡所得（総合課税） 【買い手】 ・取得した資産 |
【売り手】 ・株主個人：株式の譲渡所得（申告分離課税） 【買い手】 ・課税関係は基本的に生じない |
| 税率（売り手） | ・法人：実効税率約30%～34% ・個人：累進課税最大約55% |
・一律20.315%
上場株式等の配当等は、所得税及び復興特別所得税15.315％＋住民税5％＝合計20.315％が源泉徴収される旨が国税庁資料に記載されています。 |
| 消費税 | 譲渡資産に課税資産が含まれる場合、課税される | 株式は非課税資産のため、課税されない |
| 繰越欠損金の 取り扱い |
売り手法人に繰越欠損金があっても、買い手は引き継げない | 会社ごと引き継ぐため、繰越欠損金もそのまま引き継げる |
一般的に、売り手（特に個人株主）にとっては税率が低い株式譲渡が有利なケースが多く、買い手にとっては不要な債務を引き継ぐリスクがなく、のれんの償却メリットがある事業譲渡が有利なケースが多いと言えます。両者の利害を調整し、最適なスキームを選択することがM&A成功の鍵となります。
事業譲渡の税金に関するよくある質問（FAQ）
事業譲渡には税金がかかりますか？
はい、かかります。売り手には事業を売却して得た利益に対して法人税や所得税が、買い手には取得した資産に対して消費税や不動産取得税などが課されます。税金がかからない事業譲渡は基本的にありません。
事業譲渡の税務リスクとは何ですか？
最も一般的な税務リスクは、譲渡対価の資産ごとの配分が不適切だと税務署に判断されることです。特に「のれん」の評価額が客観的根拠なく設定されていると、税務調査で否認され、追徴課税を受ける可能性があります。
個人事業主の事業譲渡で税金はいくらになりますか？
一概には言えません。譲渡所得の金額と、その方の他の所得金額によって決まります。譲渡所得は他の所得と合算され、5%から45%の累進課税率が適用されるため、所得が多いほど税負担は重くなります。本記事のシミュレーションをご参照ください。
事業譲渡で消費税はかかりますか？国税庁の見解は？
はい、かかります。国税庁は、事業譲渡を「事業を構成する資産の集合体の譲渡」と位置付けており、その中に含まれる課税資産（建物、機械、のれん等）の譲渡は消費税の課税対象であると明確に示しています。ただし、土地や有価証券、売掛金などは非課税・不課税とされています。
事業譲渡の20%ルールとは税金に関係ありますか？
「20%ルール」とは、事業譲渡に関して会社法で定められたルールのことで、税金に直接関係するものではありません。具体的には、会社の「事業の全部」を譲渡する場合や、「事業の重要な一部（総資産の20%超）」を譲渡する場合には、株主総会の特別決議が必要になるという規定です。税務ではなく、手続き上の重要なルールとなります。
まとめ：事業譲渡の税金は専門家へ相談を
本記事では、事業譲渡に伴う税金について、売り手・買い手それぞれの視点から、計算方法、シミュレーション、節税対策まで網羅的に解説しました。
事業譲渡の税務は、法人と個人、課税資産と非課税資産、事業譲渡と株式譲渡の比較など、考慮すべき論点が多岐にわたる非常に専門的な分野です。適切な税金対策を行うかどうかで、手元に残るキャッシュは何千万円、場合によってはそれ以上変わることも珍しくありません。
安易な自己判断は、思わぬ高額な納税や税務調査のリスクにつながります。事業譲渡を検討される際には、必ず初期段階からM&Aに精通した税理士や専門のアドバイザーに相談し、最適なスキームの選択とタックスプランニングを進めることを強くお勧めします。
免責事項：本記事の内容は、一般的な情報提供を目的としており、税務・法務に関する個別具体的なアドバイスではありません。実際の税務処理にあたっては、必ず税理士等の専門家にご相談ください。
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