持分なし医療法人のM&Aは可能？売却・承継のスキームと注意点

「後継者が見つからない」「理事長が高齢で引退を考えているが、地域医療を担ってきたクリニックを閉院したくない」。このような悩みを抱える持分なし医療法人の理事長は少なくありません。実は、その解決策として持分なし医療法人のM&A（事業承継・売却）は可能です。

この記事では、株式の売買ができない持分なし医療法人が、どのようにしてM&Aを実現するのか、その具体的なスキームから対価の受け取り方、法的な手続きまで、全体像を徹底的に解説します。この記事を読めば、漠然とした不安が具体的な選択肢へと変わり、次の一歩を踏み出すための知識が身につきます。

持分なし医療法人のM&Aは可能｜事業承継・売却の選択肢を理解する

結論から言うと、持分なし医療法人であってもM&Aによる事業承継や売却は活発に行われています。 一般的な株式会社のように株式を売買する方法は取れませんが、医療法人特有のスキームを用いることで、経営権を第三者に引き継ぎ、事業を継続させることが可能です。

M&A市場における医療法人の現状

近年、医療・介護業界ではM&Aが急増しています。その背景には、経営者の高齢化、後継者不足、地域包括ケアシステムの推進による連携強化の必要性、異業種からの参入など、様々な要因が複雑に絡み合っています。特にクリニックや中小病院では、後継者不在が深刻な問題となっており、M&Aは地域医療を守るための有効な手段として認識されつつあります。国も事業承継を後押ししており、医療法人のM&Aは今後ますます一般的になっていくと予想されます。

後継者不在問題を解決する手段としてのM&A

親族や院内に適切な後継者が見つからない場合、廃院を選択せざるを得ないケースも少なくありませんでした。しかし、M&Aという選択肢があれば、第三者の意欲ある医師や医療法人に経営を引き継いでもらうことが可能になります。

これにより、売り手である理事長は創業者利益を確保して安心して引退できるだけでなく、長年勤めてくれた従業員の雇用や、通院してくださる患者様への医療提供も守ることができます。M&Aは、単なる法人売却ではなく、関係者全員にとってメリットのある「事業のバトンタッチ」なのです。

持分なし医療法人とは？持分あり医療法人との根本的な違い

M&Aのスキームを理解する前に、まず「持分なし医療法人」の特性を正確に把握しておく必要があります。特に、現在は設立が認められていない「持分あり医療法人」との違いが重要なポイントです。

持分なし医療法人の定義と特徴（基金拠出型法人等）

持分なし医療法人とは、法人の財産権（出資持分）が存在しない医療法人のことです。社員や理事には、法人の剰余金（利益）の分配を請求する権利や、解散時の残余財産の分配を請求する権利がありません。法人の財産は、あくまで法人そのものに帰属します。

この非営利性が徹底されている点が最大の特徴であり、公共性の高い医療を担う法人形態として現在の主流となっています。代表的なものに「基金拠出型医療法人」があり、設立時に拠出された基金は、定款の定めに従って拠出者に返還されますが、それを超える利益の分配は行われません。

持分あり医療法人（出資持分あり医療法人）の定義と課題

一方、持分あり医療法人（正確には「出資持分のある社団医療法人」）は、出資者（社員）がその出資額に応じて法人の財産権（出資持分）を持つ医療法人です。株式会社の株主のようなイメージで、退社時には出資持分に応じた払戻請求権があり、法人が解散した際には残余財産の分配を受ける権利があります。

しかし、この仕組みには大きな課題がありました。医療法人の経営が順調で内部留保（利益の蓄積）が増えると、出資持分の評価額も高騰します。その結果、相続時に高額な相続税が発生したり、社員の退社時に多額の払戻金が必要となり、法人の経営を圧迫するケースが続出しました。これが事業承継を困難にする大きな要因となっていたのです。

医療法改正で持分なし医療法人が主流になった背景

上記のような出資持分にまつわる問題を解消し、医療法人の非営利性を徹底するため、平成19年（2007年）4月の第5次医療法改正により、持分あり医療法人の新規設立は認められなくなりました。

これ以降に設立された医療法人はすべて「持分なし医療法人」となります。また、既存の持分あり医療法人に対しても、税制優遇などを通じて持分なし医療法人への移行が推奨されています。このような背景から、現在のM&A市場では持分なし医療法人の案件が増加しているのです。

持分なし医療法人M&Aの具体的なスキーム（手法）

では、財産権である「持分」の売買ができない持分なし医療法人は、どのようにして経営権を第三者に移転させるのでしょうか。主に以下の3つのスキームが用いられます。

社員の入退社と役員変更による経営権の承継

持分なし医療法人のM&Aで最も一般的に用いられるのが、この「社員の入退社と役員変更」というスキームです。医療法人の最高意思決定機関は「社員総会」であり、その構成員である「社員」が法人の実質的な所有者と言えます。

このスキームでは、まず買い手側の関係者が新たに社員として加入し、同時に売り手側の既存社員が退社します。これにより、社員総会の構成員が買い手側に入れ替わります。その後、新しく構成された社員総会で決議を行い、理事や監事といった役員を買い手側の人物に交代させます。この一連の手続きによって、法人の経営権が完全に買い手に移転します。

社員総会での承認手続き

社員の入退社は、定款の定めに従い、社員総会の承認決議によって行われます。通常、売り手と買い手の間で最終契約が締結された後、速やかに臨時社員総会が招集され、新社員の入社と旧社員の退社、そして新役員の選任といった一連の議案が承認されます。

新旧役員の登記変更

理事長をはじめとする役員が変更された場合、法務局で役員変更の登記手続きが必要です。この登記が完了することで、対外的にも経営陣が交代したことが公示されます。登記手続きには司法書士などの専門家が関与することが一般的です。

事業譲渡による承継スキーム

事業譲渡は、医療法人が運営する病院やクリニックの事業（建物、医療機器、従業員、許認可など）そのものを、別の医療法人や個人に売却する手法です。売り手の医療法人格は手元に残りますが、事業の実態は買い手に移転します。

事業譲渡のメリットとデメリット

メリットは、譲渡する資産や負債の範囲を個別に選択できる点です。買い手は不要な資産や偶発債務を引き継ぐリスクを避けられます。一方、デメリットとしては、従業員の雇用契約や患者との関係、各種許認可などを個別に引き継ぐ必要があり、手続きが煩雑になる点が挙げられます。また、不動産の移転には不動産取得税、登録免許税といった高額な税金がかかる可能性があります。

譲渡対象資産の範囲と特定

事業譲渡契約を締結する際には、どの資産と負債を譲渡の対象とするかを明確にリストアップ（目録作成）する必要があります。土地・建物、医療機器、医薬品在庫、営業権（のれん）、従業員の雇用契約などが対象となります。金融機関からの借入金などを引き継ぐかどうかは、交渉によって決定されます。

合併・分割による承継スキーム

合併や分割は、複数の法人格が関与する組織再編行為であり、比較的大規模なM&Aで用いられることがあります。

吸収合併の手続きと効果

吸収合併は、売り手の医療法人が買い手の医療法人に吸収されて消滅するスキームです。売り手の権利義務のすべてが買い手に包括的に承継されるため、事業譲渡のように個別の手続きは不要ですが、都道府県知事の認可が必要となり、手続きは非常に複雑で時間もかかります。

新設分割・吸収分割の活用ケース

法人の事業の一部を切り出して別の法人に承継させるのが「分割」です。例えば、ひとつの医療法人が複数のクリニックを運営している場合に、特定のクリニック事業だけを切り出して別の医療法人に承継させるといったケースで活用されます。こちらも合併と同様に、行政の認可が必要な複雑な手続きとなります。

持分なし医療法人M&Aにおける対価の受け取り方と相場

持分の売買ができないため、売り手の理事長は「売却代金」という形でお金を受け取ることはできません。その代わり、M&Aの対価は別の形で支払われるのが一般的です。

M&Aの対価は「役員退職慰労金」が基本

持分なし医療法人のM&Aにおいて、売り手である理事長やその親族役員が受け取る対価は、主に「役員退職慰労金」という名目になります。M&Aによる経営権の移転に伴い、既存の役員は全員退任します。その際に、これまでの法人への貢献に報いるための退職金を法人が支払い、これが実質的な売却対価となるのです。

この方法は、税務上も大きなメリットがあります。役員退職金は「退職所得」として扱われ、給与所得や事業所得に比べて税負担が大幅に軽減される「退職所得控除」や「1/2課税」といった優遇措置を受けられます。

役員退職慰労金の算定方法と功績倍率

役員退職慰労金の金額は、法的に定められた計算式があるわけではありませんが、税務上、不相当に高額であると判断されないための一般的な算定式が存在します。

最終報酬月額 × 役員在任年数 × 功績倍率

これが最も一般的な計算式です。

• 最終報酬月額: 退任直前の役員報酬の月額。
• 役員在任年数: その法人の役員として勤めた年数。
• 功績倍率: 役職や貢献度に応じて設定される倍率。一般的に、理事長（代表者）の場合は2.0倍～3.0倍、その他の役員は1.0倍～2.0倍程度が妥当な範囲とされています。

例えば、最終報酬月額200万円、在任年数30年、功績倍率2.5倍の理事長の場合、「200万円 × 30年 × 2.5倍 = 1億5,000万円」が退職金の目安となります。

税務上の損金算入限度額と注意点

上記の計算式で算出した金額が、必ずしも全額、法人税法上の損金（経費）として認められるわけではありません。同業種・同規模の法人の支給状況などと比較して、社会通念上、不相当に高額と判断された部分は損金不算入となるリスクがあります。そのため、功績倍率は慎重に設定する必要があり、事前に税理士などの専門家と相談することが不可欠です。

医療法人の価値（企業価値）評価のポイント

役員退職金の額は、最終的には売り手と買い手の交渉によって決まります。その交渉のベースとなるのが、医療法人の企業価値評価（バリュエーション）です。主に以下の3つのアプローチを組み合わせて評価されます。

純資産価額法による評価

貸借対照表（バランスシート）上の資産から負債を差し引いた「純資産」を基準に価値を評価する方法です。帳簿価額をそのまま使うのではなく、土地などを時価で評価し直すことが一般的です。法人が解散した場合にどれくらいの価値が残るかを示す指標であり、評価のベースとなります。

収益還元法（DCF法）による評価

将来その医療法人が生み出すであろうキャッシュフロー（現金収益）を予測し、それを現在の価値に割り引いて評価する方法です。将来の収益力に着目した評価方法であり、特に成長が見込まれる法人で重要視されます。

類似案件比較法（マルチプル法）

同地域・同規模の類似した医療法人のM&A事例で用いられた評価倍率（マルチプル）を参考に、対象法人の価値を算定する方法です。EBITDA（税引前利益＋支払利息＋減価償却費）の何倍か、といった形で評価されることが多く、客観的な相場観を把握するのに役立ちます。

持分なし医療法人M&Aのメリット・デメリット【売り手・買い手別】

M&Aは関係者それぞれにメリットとデメリットをもたらします。意思決定の前に、双方の立場から冷静に検討することが重要です。

売り手（譲渡側）のメリット

後継者問題の解決と事業の継続

最大のメリットは、後継者不在の悩みを根本的に解決できる点です。これにより、長年地域医療に貢献してきたクリニックや病院を存続させ、従業員の雇用と患者の安心を守ることができます。

創業者利益（役員退職金）の獲得

理事長やその家族は、役員退職慰労金という形で創業者利益を確保できます。これにより、引退後の生活設計を安心して立てることが可能になります。

個人保証・担保の解除

多くの中小医療法人では、理事長が金融機関からの借入金に対して個人保証を行ったり、自宅を担保に提供したりしています。M&Aが成立すれば、これらの個人保証や担保を買い手に引き継いでもらい、解除できることが一般的です。これは精神的にも経済的にも非常に大きな解放となります。

売り手（譲渡側）のデメリット・注意点

経営権の完全な喪失

M&Aが完了すれば、法人の経営に関する一切の権利を失います。長年心血を注いできた事業から完全に離れることへの寂しさや喪失感を感じる経営者も少なくありません。

従業員の処遇や理念の承継に関する懸念

買い手の方針によっては、従業員の労働条件が変更されたり、自分が大切にしてきた経営理念や診療方針が引き継がれなかったりする可能性があります。契約交渉の段階で、従業員の雇用維持や理念の尊重などを条件として盛り込むことが重要です。

買い手（譲受側）のメリット

事業規模の拡大とエリア展開

既存のクリニックや病院を買収することで、短期間で事業規模を拡大し、新たなエリアへ進出することが可能です。一から新規開業するのに比べて、時間とコストを大幅に削減できます。

人材・許認可の獲得による新規参入の効率化

M&Aにより、経験豊富な医師、看護師、事務スタッフといった人材をまとめて確保できます。また、病院やクリニックの開設に必要な都道府県の許認可もそのまま引き継げるため、スムーズに事業を開始・拡大できます。

シナジー効果による収益性向上

複数の医療機関を運営することで、医薬品や医療機器の共同購入によるコスト削減、本部機能の集約による効率化、専門分野の異なる医師の連携による医療サービスの向上など、様々なシナジー（相乗効果）が期待できます。

買い手（譲受側）のデメリット・注意点

簿外債務や偶発債務のリスク

事前の調査（デューデリジェンス）で把握できなかった未払いの残業代や訴訟リスクなど、帳簿に載っていない債務（簿外債務）を引き継いでしまうリスクがあります。

組織文化の統合（PMI）の難しさ

M&A後に最も困難な課題の一つが、異なる組織文化を持つ従業員同士の融合（PMI: Post Merger Integration）です。これを疎かにすると、主要なスタッフが退職してしまい、M&Aの目的が達成できなくなる恐れがあります。

持分なし医療法人M&Aの一般的な手続きと流れ

持分なし医療法人のM&Aは、専門的な知識を要する複雑なプロセスです。一般的には以下のようなステップで進められます。

STEP1. M&A専門家への相談・準備

まずは、医療業界に精通したM&A仲介会社やアドバイザーに相談することから始まります。自院の現状を整理し、希望条件を伝え、企業価値の簡易査定などを受けながら、M&Aを進めるかどうかの意思決定を行います。

STEP2. 買い手候補の選定と交渉（トップ面談）

M&Aアドバイザーが、ノンネームシート（法人名が特定されない匿名の企業概要書）を用いて、買い手候補を探します。関心を示した候補先とは秘密保持契約を締結した上で、より詳細な資料を開示し、経営者同士のトップ面談に進みます。

STEP3. 基本合意契約（MOU）の締結

トップ面談でお互いの意向が固まったら、基本的な譲渡条件（スキーム、対価の目安、スケジュールなど）を定めた基本合意契約書（MOU）を締結します。この時点では法的な拘束力は限定的ですが、独占交渉権などが定められることが一般的です。

STEP4. デューデリジェンス（買収監査）の実施

基本合意後、買い手側が弁護士や公認会計士などの専門家を起用し、売り手法人に対して詳細な調査（デューデリジェンス）を行います。財務、税務、法務、労務など、様々な観点からリスクがないかを精査する重要なプロセスです。

STEP5. 最終契約（社員権譲渡契約等）の締結

デューデリジェンスの結果を踏まえ、最終的な条件交渉が行われます。双方が合意に至れば、法的拘束力のある最終契約書（社員の入退社や役員退職金の支払いなどを定めた契約）を締結します。

STEP6. クロージング（対価の支払い・役員変更）

契約に定められた条件がすべて満たされたことを確認し、経営権の移転を実行する最終手続きがクロージングです。臨時社員総会での役員変更決議、役員退職金の支払い、各種登記手続きなどが行われます。

STEP7. 行政手続き（都道府県への届出・認可）

役員変更後は、管轄の都道府県や保健所への届出が必要です。合併や事業譲渡などのスキームを用いる場合は、クロージング前に都道府県知事の認可が必要になるなど、より複雑な行政手続きが伴います。

持分なし医療法人と持分あり医療法人のM&Aの違いを比較

ここで、持分なし医療法人と持分あり医療法人のM&Aの主な違いを整理しておきましょう。

スキームの違い：社員権の承継 vs 出資持分の譲渡

最大の違いは、経営権移転の手段です。持分なしでは「社員」という”人”の入れ替えによって経営権を移しますが、持分ありでは「出資持分」という”財産権”を売買することで経営権を移します。

対価の種類と税務の違い：退職所得 vs 譲渡所得

このスキームの違いが、対価の種類と税務に直結します。持分なしでは法人から支払われる「役員退職金」が対価となり、税負担の軽い「退職所得」となります。一方、持分ありでは買い手個人から支払われる「譲渡代金」が対価となり、「譲渡所得」として課税されます。どちらが有利かは個別のケースによりますが、一般的に勤続年数が長い場合は退職所得の方が有利になることが多いです。

手続きの複雑さと行政の関与度

持分ありの場合、出資持分の評価が非常に複雑になりがちで、相続問題と絡むことも多いため、全体的に難易度が高くなる傾向があります。一方、持分なしの「社員入退社スキーム」は、手続きがある程度定型化されており、行政手続きも役員変更届が中心となるため、比較的スムーズに進めやすいと言えます。

持分なし医療法人M&Aに関するよくある質問（FAQ）

Q. 借入金やリース債務があってもM&Aは可能ですか？

A. はい、可能です。

金融機関からの借入金や医療機器のリース債務がある状態でも、M&Aは全く問題なく行えます。M&Aのプロセスの中で、これらの債務を買い手が引き継ぐか、あるいはM&Aの対価（役員退職金）から返済するかなどを交渉します。理事長の個人保証が付いている場合は、その解除をM&Aの必須条件とすることが一般的です。

Q. 理事長だけが退任し、他の役員や従業員は残れますか？

A. はい、そのような形も一般的です。

M&Aの目的は事業の継続ですので、買い手側も経験豊富な役員や従業員には残ってほしいと考えるケースがほとんどです。理事長と配偶者の役員だけが退任し、勤務医である副院長や長年勤めている看護師長などはそのまま残り、新しい体制で勤務を続けるという形は非常によくあります。

Q. M&Aの仲介手数料や費用はどのくらいかかりますか？

A. 成功報酬型が一般的で、譲渡価額の数%が目安です。

M&A仲介会社に支払う手数料は、レーマン方式とよばれる成功報酬体系が採用されることが多く、取引金額に応じて料率が変動します（例：5億円以下の部分は5%など）。この他に、相談料や着手金が必要な会社もあります。また、弁護士や税理士などの専門家に支払う費用も別途必要になります。

Q. 基金制度ありの医療法人の場合、M&Aはどうなりますか？

A. 基金の取り扱いを契約で定める必要があります。

基金拠出型医療法人の場合、拠出された基金は返還請求権があります。M&Aの際に、この基金をどう扱うかを売り手と買い手で協議する必要があります。買い手側が新たに基金を拠出し、それをもって元の拠出者に返還する、あるいは基金の返還請求権そのものを譲渡するといった方法が考えられます。

Q. M&Aの情報はいつまで秘密にできますか？

A. クロージング直前まで秘密裏に進めるのが鉄則です。

M&Aの検討が外部に漏れると、従業員の動揺や患者離れ、取引先との関係悪化などを招く恐れがあります。そのため、M&Aの情報はごく一部の関係者のみで共有し、従業員や関係者への公表は、最終契約が締結され、M&Aの実行が確実になった段階で行うのが一般的です。

まとめ：持分なし医療法人のM&Aは専門家への相談が成功の鍵

持分なし医療法人のM&Aは、株式譲渡という一般的な手法が使えないものの、「社員の入退社と役員変更」というスキームを中心に、活発に行われています。 後継者不在に悩む経営者にとって、創業者利益を確保しつつ、従業員や患者、そして地域医療を守ることができる、非常に有効な選択肢です。

しかし、そのプロセスは企業価値評価、法務、税務、行政手続きなど、高度な専門知識を要する複雑なものです。最適な相手と最良の条件でM&Aを成功させるためには、医療業界のM&Aに精通した信頼できる専門家（M&Aアドバイザー）のサポートが不可欠です。

もし、あなたが事業承継について少しでもお悩みであれば、まずは一度、専門家に相談してみてはいかがでしょうか。自院の可能性を知ることが、未来を切り拓くための第一歩となるはずです。

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【免責事項】

本記事は、医療法人のM&Aに関する一般的な情報提供を目的としており、法務、税務、会計に関する具体的な助言を行うものではありません。個別の案件については、必ず弁護士、税理士、公認会計士、M&A専門家などの専門家にご相談ください。本記事の情報に基づいて行われた行為により生じたいかなる損害についても、当方は一切の責任を負いかねます。