M&Aによる会社や事業の売却を検討する際、経営者の皆様が最も気になることの一つが「税金」ではないでしょうか。M&Aで得た利益（譲渡益）には当然税金がかかりますが、その種類や計算方法はM&Aの手法（スキーム）や売り手の状況によって大きく異なります。正しい知識を持たずに進めてしまうと、「想定外の多額の税金が発生し、手元に残る資金が大幅に減ってしまった」という事態にもなりかねません。
この記事では、M&Aの売り手様向けに、かかる税金の種類や具体的な計算方法、そして手残りを最大化するための節税対策まで、専門的な内容を分かりやすく徹底解説します。
M&Aで売り手にかかる税金は譲渡益の約20.315%が目安
まず結論からお伝えすると、M&Aで売り手にかかる税金の最も一般的なケースでは、売却によって得た利益（譲渡益）に対して約20.315%の税金がかかると覚えておくとよいでしょう。
これは、中小企業のM&Aで最も多く用いられる「株式譲渡」という手法で、会社のオーナー経営者（個人）が株式を売却した場合の税率です。
| 税金の種類 | 税率 |
|---|---|
| 所得税 | 15% |
| 復興特別所得税 | 0.315% |
| 住民税 | 5% |
| 合計 | 20.315% |
例えば、1億円の利益が出た場合、約2,031万円が税金として引かれる計算になります。ただし、これはあくまで一つの目安です。M&Aには株式譲渡以外にも様々な手法があり、誰が（個人か法人か）、何を（株式か事業か）売却するかによって、かかる税金の種類も税率も全く異なります。
これから、具体的なケース別にM&Aの税金について詳しく見ていきましょう。
【スキーム別】M&Aで売り手にかかる税金の種類と計算方法
M&Aの税金を理解する上で最も重要なのが「スキーム（手法）」の違いです。ここでは、代表的なスキームである「株式譲渡」と「事業譲渡」を中心に、売り手にかかる税金を解説します。
株式譲渡で会社を売却する場合の税金
株式譲渡は、会社のオーナーなどが保有する株式を買い手に売却することで、会社の経営権を移転させる手法です。手続きが比較的シンプルで、中小企業のM&Aで最も多く利用されています。
売り手が個人の株主（経営者など）の場合：譲渡所得税
多くのオーナー経営者がこのケースに該当します。個人が株式を売却して得た利益は「株式等に係る譲渡所得」として扱われ、給与所得など他の所得とは合算せずに分離して課税されます（申告分離課税）。
税額は、譲渡所得に対して一律20.315%の税率で計算されます。
譲渡所得の計算方法は以下の通りです。
譲渡所得 = 譲渡価額 ー (取得費 + 譲渡費用)
- 譲渡価額: 株式を売却して買い手から受け取った金額。
- 取得費: 売却した株式を取得するために要した費用。会社の設立時や増資時に払い込んだ資本金などが該当します。
- 譲渡費用: 株式を売却するために直接かかった費用。M&A仲介会社に支払った手数料やアドバイザリー費用などが含まれます。
この計算式で算出された譲渡所得に、前述の税率20.315%を掛けることで、納めるべき税額が確定します。
売り手が法人の株主（親会社など）の場合：法人税
親会社が子会社の株式を売却するケースなどがこれに該当します。法人が株式を売却して得た利益は「株式譲渡益」として、その法人の他の事業で生じた利益や損失と合算されます。
合算された最終的な利益（課税所得）に対して、法人税、地方法人税、法人住民税、事業税といった各種法人税等が課されます。
法人税等の税率は会社の規模や所得金額によって異なりますが、実効税率は約30%〜34%が目安となります。個人の譲渡所得税率（約20%）と比較して、税負担が大きくなる傾向があります。
計算のイメージは以下の通りです。
課税所得 = (各事業年度の益金 ー 各事業年度の損金)
※益金の中に株式譲渡益が含まれます。
法人税等の額 = 課税所得 × 法人税等の実効税率
このように、同じ株式譲渡であっても、売り手が個人か法人かで税率が大きく異なる点を理解しておくことが重要です。
事業譲渡で事業を売却する場合の税金
事業譲渡は、会社全体ではなく、会社が営む事業の一部または全部を買い手に売却する手法です。例えば、複数の事業を持つ会社が、特定の不採算事業だけを切り離して売却するようなケースで用いられます。
この場合、あくまで取引の主体は会社（法人）となるため、税金も法人に対して課されます。
売り手企業（法人）にかかる法人税
事業の売却によって得た利益は「事業譲渡益」として、法人の所得に加算されます。そして、株式譲渡（売り手が法人の場合）と同様に、他の損益と通算された上で、約30%〜34%の法人税等が課税されます。
事業譲渡益の計算方法は以下の通りです。
事業譲渡益 = 譲渡価額 ー 譲渡資産の簿価
- 譲渡価額: 事業を売却して買い手から受け取った金額。
- 譲渡資産の簿価: 売却する資産（建物、機械、在庫など）の帳簿上の価額。
課税対象資産にかかる消費税
事業譲渡における税金の最大の注意点が「消費税」です。株式譲渡では消費税はかかりませんが、事業譲渡では売却する資産のうち、消費税の課税対象となる資産に対して10%の消費税が発生します。
| 課税対象となる資産の例 | 課税対象とならない資産の例 | |
|---|---|---|
| 事業譲渡 | ・建物、機械、車両などの有形固定資産 ・営業権（のれん） ・ソフトウェアなどの無形固定資産 ・棚卸資産（商品、製品など） |
・土地 ・有価証券（株式など） ・売掛金などの債権 |
この消費税は、売り手企業が買い手企業から預かり、国に納付するものです。そのため、売り手の手残りが直接減るわけではありません。しかし、買い手にとっては消費税分だけ初期の支払額が増えるため、M&Aの交渉において取引価格に影響を与える重要な要素となります。
その他のM&Aスキーム（組織再編）でかかる税金
M&Aには、株式譲渡や事業譲渡の他にも、会社法上の組織再編行為を利用した手法があります。これらは税務が非常に複雑になるため、概要のみご紹介します。
会社分割
会社分割は、事業部門を切り離して新しい会社を設立したり、既存の別会社に承継させたりする手法です。
合併
合併は、複数の会社を一つの会社に統合する手法です。
株式交換・株式移転
株式交換・株式移転は、ある会社が他の会社の発行済株式のすべてを取得し、完全親子会社の関係を創設する手法です。
これらの組織再編行為では、「税制適格要件」という一定の条件を満たすことで、資産の譲渡に伴う課税が将来に繰り延べられる（その時点では課税されない）措置があります。しかし、この要件は非常に厳格かつ複雑なため、実行には税務の専門家による詳細な検討が不可欠です。
【具体例】M&Aの税金シミュレーション
ここでは、具体的な数値を当てはめて、実際にどれくらいの税金がかかるのかをシミュレーションしてみましょう。
株式譲渡の税金計算シミュレーション（個人株主）
オーナー経営者が自身の会社を売却する、最も一般的なケースです。
【前提条件】
- 株式の売却価格（譲渡価額）: 2億円
- 会社の設立時に出資した金額（取得費）: 1,000万円
- M&A仲介会社への手数料（譲渡費用）: 800万円
【計算ステップ】
- 譲渡所得の計算
2億円（譲渡価額） – (1,000万円（取得費） + 800万円（譲渡費用）) = 1億8,200万円 - 税額の計算
1億8,200万円（譲渡所得） × 20.315% = 約3,697万3,300円
このケースでは、約3,700万円の税金を納める必要があり、最終的な手残り額は約1億6,300万円となります。
事業譲渡の税金計算シミュレーション（法人）
ある企業が飲食事業を売却するケースを想定します。
【前提条件】
- 事業の売却価格（譲渡価額）: 8,000万円
- 売却する資産（店舗建物、厨房機器など）の簿価合計: 3,000万円
- 法人税等の実効税率: 30%
【計算ステップ】
- 事業譲渡益の計算
8,000万円（譲渡価額） – 3,000万円（譲渡資産の簿価） = 5,000万円 - 法人税額の計算
5,000万円（事業譲渡益） × 30% = 1,500万円
この場合、事業譲渡益5,000万円に対して1,500万円の法人税が課されます（他の事業の損益はないものと仮定）。
さらに、消費税についても考慮が必要です。もし譲渡資産8,000万円のうち、土地（非課税）が1,000万円、建物やのれん（課税対象）が7,000万円だった場合、買い手から700万円（7,000万円 × 10%）の消費税を預かり、納税することになります。
M&Aで売り手が実践すべき税金対策・節税方法4選
M&Aの税金は、事前の対策によって合法的に負担を軽減することが可能です。ここでは、売り手が実践すべき代表的な節税方法を4つご紹介します。
1. 役員退職金と退職所得控除を活用する
これは、株式譲渡を行うオーナー経営者にとって最も効果的な節税策の一つです。
M&Aによる株式の売却益は「譲渡所得」として約20%の税率がかかります。一方で、M&Aを機に経営者自身が会社から受け取る「役員退職金」は「退職所得」となり、税制上非常に優遇されています。
【退職所得のメリット】
- 退職所得控除: 勤続年数に応じた大きな控除額が差し引ける。
- 1/2課税: 控除後の金額をさらに半分にしてから税率を計算できる。
- 分離課税: 他の所得と合算されず、累進課税の影響を受けにくい。
例えば、勤続30年の役員が3,000万円の退職金を受け取った場合、退職所得控除額は1,500万円となり、課税対象となる退職所得は750万円（(3,000万円 – 1,500万円) × 1/2）まで圧縮されます。
M&Aの取引価格の一部を、最終契約前に役員退職金として会社から経営者に支給する決議をしておくことで、譲渡所得として課税される金額を減らし、代わりに税負担の軽い退職所得として受け取ることが可能になります。ただし、不相当に高額な役員退職金は税務署から否認されるリスクがあるため、金額の妥当性については専門家との相談が必須です。
2. 株式の取得費を証明できる資料を準備する
株式譲渡の税金計算において、「取得費」がいくらだったかは非常に重要です。もし、会社の設立が古く、出資した金額を証明する資料（設立時の定款、出資契約書、通帳の記録など）が見つからない場合、税法上「概算取得費」として、売却価格の5%しか取得費として認められない可能性があります。
例えば、売却価格が2億円の場合、本来の取得費が1,000万円あっても、証明できなければ1,000万円（2億円×5%）しか取得費と認められません。差額の900万円分だけ譲渡所得が増え、結果として約182万円（900万円×20.315%）も税金が増えてしまうのです。
M&Aを考え始めたら、できるだけ早い段階で取得費を証明できる資料を探し、準備しておくことが重要です。
3. 消費税のかからない株式譲渡を選択する
事業譲渡を行うと、課税資産に対して消費税が発生し、買い手の負担が増える可能性があります。もし、会社全体を売却することに支障がないのであれば、消費税が非課税となる株式譲渡のスキームを選択することで、買い手との交渉をスムーズに進められる可能性があります。
買い手側の資金負担が減ることは、結果的に売却価格の交渉で有利に働くことも考えられます。自社の状況に合わせて最適なスキームを選択することが、間接的な節税につながるのです。
4. 事業承継税制（特例措置）の活用を検討する
事業承継税制は、後継者へ事業を引き継ぐ際の贈与税や相続税の納税を猶予・免除する制度です。一般的には親族内承継で利用されるイメージが強いですが、一定の要件を満たせば、M&Aのような親族外承継の場面でも活用できる場合があります。
例えば、一度親族に事業承継税制を使って株式を承継し、その後、その親族が第三者（買い手）に株式を売却するといった活用法が考えられます。ただし、制度の要件は非常に複雑で、適用できるケースは限られます。活用を検討する場合は、この制度に詳しい税理士に相談することが不可欠です。
M&Aの売り手が税金面で注意すべき3つのポイント
最後に、M&Aの税金に関して売り手が特に注意すべき点を3つ挙げます。
1. 確定申告・納税の時期と方法を把握する
税金は納付して初めて完了します。申告漏れや遅延にはペナルティが課されるため、スケジュールを正確に把握しておきましょう。
- 個人株主（株式譲渡）の場合: 株式を売却した年の翌年2月16日〜3月15日の間に確定申告を行い、納税します。
- 法人（事業譲渡など）の場合: 事業譲渡を行った日が属する事業年度の決算日の翌日から2ヶ月以内に法人税の確定申告と納税を行います。
M&A後は手続きが煩雑になりがちですが、顧問税理士などと連携し、確実に申告・納税を済ませましょう。
2. M&A取引は税務調査の対象になりやすい
M&Aは取引金額が大きく、複雑な論点を含むため、税務署による税務調査の対象になりやすい取引と言われています。
特に、以下のような点が調査の論点となりやすいです。
- 株価の算定根拠: 親族間売買などで不当に低い価額で取引されていないか。
- 役員退職金の金額: 勤続年数や功績に対して金額が妥当か。
- 取得費の根拠: 取得費を証明する資料は十分か。
税務調査で申告内容を否認されると、追徴課税や延滞税、過少申告加算税といった重いペナルティが課されます。M&Aの交渉段階から税務調査を意識し、すべての取引の根拠を説明できるよう、専門家と協力して証拠資料を整理しておくことが重要です。
3. M&Aの専門家（税理士・仲介会社）に早期に相談する
ここまで解説してきたように、M&Aの税務は非常に専門的で複雑です。どのスキームを選択するかによって納税額が数千万円単位で変わることも珍しくありません。
最善の節税策を講じるためには、M&Aの交渉が本格化する前の、検討段階のできるだけ早い時期に専門家に相談することが不可欠です。
相談する相手は、通常の顧問税理士だけでなく、M&Aの税務に精通した税理士や、税理士と連携しているM&A仲介会社を選ぶことが成功の鍵となります。早期に相談することで、税務上有利なスキームの選択や、効果的な節税策の立案が可能になります。
参考：M&Aで買い手側にかかる税金
売り手として交渉に臨む際、買い手側にどのような税金がかかるかを知っておくことも役立ちます。
株式譲渡で買い手にかかる税金
株式の取得自体には、基本的に税金はかかりません。これが買い手にとって株式譲渡が好まれる理由の一つです。ただし、買収後に「のれん」の償却による節税効果が見込めないというデメリットもあります。
事業譲渡で買い手にかかる税金
事業譲渡では、買い手は不動産取得税や登録免許税といった流通税を負担する必要があります。また、売り手に消費税を支払いますが、これは通常、仕入税額控除によって相殺されます。一方で、買収した資産や「のれん」を減価償却することで、将来の法人税を節税できるという大きなメリットがあります。
M&Aの税金に関するよくある質問（FAQ）
M&Aで売却した場合の税金は合計でいくらですか？
一概に「いくら」と断定することはできません。M&Aのスキーム（株式譲渡か事業譲渡か）、売り手の属性（個人か法人か）、売却する会社の資産状況や利益額によって全く異なります。あくまで大まかな目安として、個人が株式譲渡で得た利益には約20%、法人が事業譲渡で得た利益には約30%の税金がかかると考えることができますが、正確な金額は専門家によるシミュレーションが必要です。
個人事業主が事業を売却する場合の税金はどうなりますか？
個人事業主が事業を売却する場合、税金の計算はさらに複雑になります。売却する資産の種類によって所得の区分が異なり、例えば土地・建物は「譲渡所得」、商品在庫や営業権は「事業所得」として計算されます。譲渡所得は分離課税、事業所得は他の所得と合算して累進課税が適用される総合課税となり、税率も異なります。節税を考えるなら、一度法人成り（会社を設立）してから株式譲渡の形で売achieveした方が有利になるケースも多いため、専門家への相談が必須です。
税金の支払いはいつまでに行う必要がありますか？
申告と納税の期限は決まっています。
- 個人の方: M&Aを行った翌年の3月15日までです。
- 法人の方: M&Aを行った日が属する事業年度の決算日から2ヶ月以内です。
この期限を過ぎると延滞税などのペナルティが発生するため、注意が必要です。
まとめ：M&Aの税金は複雑なため専門家への相談が成功の鍵
この記事では、M&Aの売り手にかかる税金について、スキームごとの違いから具体的な節税策までを網羅的に解説しました。
M&Aの成功は、単に高い価格で売却することだけを意味しません。税金や手数料を差し引いた後、最終的にどれだけの資金を手元に残せるかが最も重要です。そのためには、M&Aの税務に関する正しい知識を持ち、適切な対策を講じることが不可欠です。
しかし、M&Aの税務は極めて専門的であり、自己判断は大きなリスクを伴います。最適なM&Aを実現するためには、信頼できるM&A仲介会社やM&Aに精通した税理士といった専門家に早い段階で相談し、二人三脚で進めていくことが成功への一番の近道と言えるでしょう。
免責事項：本記事に記載された情報は、一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の税務アドバイスを提供するものではありません。具体的な税務処理については、必ず税理士などの専門家にご相談ください。
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