事業譲渡の手続きを徹底解説！流れ・期間・注意点を網羅

事業譲渡は、会社の一部または全部の事業を第三者に売却するM&A手法の一つです。しかし、その手続きは会社法に厳格に定められており、非常に複雑です。譲渡する側（譲渡会社）と譲り受ける側（譲受会社）の双方で、取締役会や株主総会での決議、契約締結、資産や契約の個別移転手続きなど、多くのステップを踏む必要があります。
なお、事業譲渡では、合併や会社分割とは異なり、原則として会社法上の債権者保護手続きは必要ありません。ただし、債務を譲受会社が引き受ける場合などには、個別に債権者の同意が必要となるため注意が必要です。この記事では、事業譲渡を検討している経営者の方に向けて、会社法に基づいた手続きの全体像、スケジュール、そして成功のために押さえるべき重要ポイントを網羅的に解説します。

事業譲渡の基本概要

事業譲渡の手続きを理解する第一歩として、まずはその定義と、他のM&A手法との違いを正確に把握することが重要です。これにより、自社の状況に最も適した手法を選択できます。

事業譲渡の定義

事業譲渡とは、会社が営む事業の全部または一部を、他の会社に譲渡することを指します。ここでの「事業」とは、単なる個別の資産（土地、建物、機械など）の集合体ではありません。有機的に一体として機能する、人材、資産、負債、ブランド、ノウハウ、取引先との関係といった経営資源の総体を意味します。

譲渡する側は、特定の事業を切り離してコア事業に集中したり、後継者不在の問題を解決したりできます。一方、譲り受ける側は、新規事業へ迅速に参入したり、既存事業とのシナジー効果を創出したりすることが可能です。譲渡対象を柔軟に選べるため、買い手にとって不要な資産や偶発債務を引き継ぐリスクを避けやすいのが大きな特徴です。

株式譲渡・会社分割との違い

M&Aには事業譲渡の他に、株式譲渡や会社分割といった手法もあります。それぞれ手続きや効果が大きく異なるため、その違いを理解しておくことが不可欠です。

株式譲渡が「会社の丸ごと売却」であるのに対し、事業譲渡は「事業のいいとこ取り」が可能な手法といえます。ただし、その分、資産や契約を個別に移転する手続きが必要となり、手間と時間がかかる点に注意が必要です。

事業譲渡手続きの全体スケジュールと期間

事業譲渡は多くの関係者が関与し、法的な手続きも多岐にわたるため、計画的なスケジュール管理が成功の鍵を握ります。

事業譲渡手続きの全体フロー

以下は、事業譲渡における一般的な手続きの流れです。譲渡会社と譲受会社で並行して進める作業が多くあります。

1. 【準備・交渉段階】（約1ヶ月～3ヶ月）
   • 専門家（M&A仲介会社、弁護士等）への相談
   • 譲渡対象事業の選定・資料作成
   • 譲渡先の選定・交渉
   • 基本合意契約（MOU）の締結
2. 【デューデリジェンス・契約締結段階】（約1ヶ月～3ヶ月）
   • 譲受会社によるデューデリジェンス（買収監査）の実施
   • 取締役会での事業譲渡承認決議
   • 事業譲渡契約の締結
3. 【クロージング（実行）段階】（約1ヶ月～3ヶ月）
   • 株主総会の招集通知・開催（特別決議）
   • 反対株主の株式買取請求への対応
   • 債権者保護手続き（必要な場合）
   • 従業員・取引先からの同意取得
   • 事業譲渡の効力発生（クロージング）
   • 資産・負債の移転、対価の支払い
4. 【事後手続き段階】
   • 各種名義変更手続き（不動産登記など）
   • 許認可の再取得
   • 税務申告

手続きにかかる期間の目安

事業譲渡の手続きにかかる期間は、一般的に6ヶ月から1年程度が目安です。ただし、事業の規模、譲渡対象の複雑さ、交渉の進捗状況などによって大きく変動します。

特に、従業員や取引先からの同意取得、許認可の再取得に時間がかかるケースが多く見られます。スケジュールには余裕を持ち、専門家と密に連携しながら進めることが重要です。

【譲渡会社側】事業譲渡の会社法手続き

ここからは、譲渡する側の会社が行うべき会社法上の手続きをステップごとに詳しく解説します。

ステップ1：事業譲渡の準備と検討

すべての始まりは、慎重な準備と検討です。この段階での意思決定が、後のプロセス全体に影響します。

譲渡対象事業・資産の選定

まず、どの事業を、どの範囲（資産、負債、人材、契約など）で譲渡するのかを明確に定義します。譲渡対象を明確にすることで、企業価値評価（バリュエーション）の精度が高まり、譲受候補先との交渉もスムーズに進みます。

譲渡スキームの検討と専門家への相談

事業譲渡が本当に最適な手法なのか、株式譲渡や会社分割の可能性も含めて検討します。この段階でM&A仲介会社や弁護士、公認会計士といった専門家に相談し、法務・税務・財務の観点からアドバイスを受けることが、後のトラブルを避けるために極めて重要です。

ステップ2：取締役会での決議

事業譲渡という会社の重要な意思決定は、まず取締役会（設置している場合）で決議します。

事業譲渡契約承認の決議

譲受会社との交渉がある程度進み、契約内容の骨子が固まった段階で、取締役会において事業譲渡契約の締結を承認する決議を行います。この決議を経て、会社として正式に契約締結のプロセスに進むことができます。

ステップ3：事業譲渡契約の締結

取締役会の承認を得た後、譲受会社と正式に事業譲渡契約を締結します。この契約書は、後のすべての手続きの基礎となる最も重要な書類です。

契約書に盛り込むべき主要項目

• 譲渡対象事業の特定：どの事業を譲渡するのかを明確に記載。
• 譲渡対象資産・負債の明細：引き継ぐ資産と負債をリスト化して具体的に記載。
• 譲渡価額と支払方法：譲渡の対価はいくらか、いつ、どのように支払うかを規定。
• 譲渡日（効力発生日）：事業の権利義務が移転する日を定める。
• 従業員の処遇：転籍する従業員の労働条件などを記載。
• 競業避止義務：譲渡会社が一定期間、同一または類似の事業を行わないことを約束する条項。
• 表明保証：譲渡対象事業に関する情報が真実かつ正確であることを保証する条項。
• 解除条件：契約を解除できる条件を定める。

ステップ4：株主総会の招集と特別決議

事業の重要な部分を譲渡することは、株主に大きな影響を与えるため、原則として株主総会での承認が必要です。

株主総会開催の2週間前までの招集通知

株主総会を開催するには、原則として開催日の2週間前までに株主に対して招集通知を発送する必要があります（非公開会社で書面投票等を認めない場合は1週間前）。

株主総会での特別決議（会社法第467条）

事業の全部または重要な一部の譲渡には、株主総会の特別決議が必要です。特別決議は、議決権を行使できる株主の議決権の過半数を有する株主が出席し、出席した株主の議決権の3分の2以上の賛成がなければ可決されません。

ステップ5：反対株主の株式買取請求への対応

事業譲渡に反対する株主を保護するため、会社法は株式買取請求権を認めています。

買取請求権の通知・公告

会社は、事業譲渡の効力発生日の20日前までに、全株主に対して事業譲渡を行う旨を通知または公告しなければなりません。

株式価格の協議と決定

事業譲渡に反対する株主は、会社に対して自身が保有する株式を公正な価格で買い取るよう請求できます。まずは会社と株主との間で価格を協議し、合意に至らない場合は、裁判所に価格決定の申立てを行うことになります。

ステップ6：債権者保護手続き（必要な場合）

事業譲渡では、原則として債権者保護手続きは不要です。ただし、「譲受会社が譲渡会社の商号を引き続き使用する場合」や「譲渡会社の債務を引き受ける旨を広告した場合」には、譲受会社も譲渡会社の債務を弁済する責任を負う可能性があります。この場合、譲渡会社の債権者を保護するための手続きが必要になることがあります。

官報公告と個別催告

手続きが必要な場合、官報に公告し、かつ、知れている債権者には個別に催告を行う必要があります。

ステップ7：事業譲渡の実行（効力発生）

事業譲渡契約で定めた効力発生日（クロージング日）をもって、事業に関する権利義務が譲受会社に移転します。

資産・負債・契約等の移転

不動産、設備、在庫といった有形資産の引き渡しや、売掛金、買掛金といった債権債務の移転手続きを行います。この日に、譲受会社から譲渡対価が支払われます。

ステップ8：各種名義変更・登記手続き

事業の移転に伴い、様々な名義変更や登記手続きが必要となります。

不動産登記や許認可の再取得

譲渡対象に不動産が含まれる場合は、所有権移転登記が必要です。また、建設業や飲食業など、事業に必要な許認可は、譲受会社が新たに取得し直さなければなりません。

【譲受会社側】事業譲渡の会社法手続き

次に、譲り受ける側の会社が行うべき手続きを解説します。譲渡会社側の手続きと並行して進められます。

ステップ1：デューデリジェンス（買収監査）の実施

デューデリジェンス（DD）は、譲受会社が譲渡対象事業のリスクを洗い出すために行う調査です。財務、法務、税務、事業など多角的な観点から専門家が調査し、隠れた負債（簿外債務）や法的な問題がないかなどを精査します。DDの結果は、最終的な譲渡価格や契約条件の交渉に大きく影響します。

ステップ2：取締役会での決議

譲受会社も、事業を譲り受ける意思決定として、取締役会での承認決議が必要です。

ステップ3：事業譲渡契約の締結

デューデリジェンスの結果を踏まえて最終交渉を行い、譲渡会社と事業譲渡契約を締結します。

ステップ4：株主総会の招集と特別決議（必要な場合）

譲受会社側でも、一定の条件下では株主総会の特別決議が必要になります。

対価が純資産額の20%を超える場合

他の会社の事業の全部を譲り受ける場合、または譲渡の対価として支払う財産の帳簿価額が、譲受会社の純資産額の5分の1（20%）を超える場合には、譲受会社側でも株主総会の特別決議が必要です。

ステップ5：事業譲渡の実行と対価の支払い

契約で定めた効力発生日に、譲渡会社に対して譲渡対価を支払います。

ステップ6：資産の引き受けと名義変更

譲渡会社から資産や契約を引き継ぎ、不動産登記や車両の名義変更など、必要な手続きを進めます。許認可の新規取得もこのタイミングで完了させておく必要があります。

事業譲渡手続きで必ず押さえるべき重要ポイント

法的な手続きに加え、実務上、特に注意が必要なポイントがいくつかあります。これらを疎かにすると、事業譲渡そのものが失敗に終わる可能性もあります。

従業員の転籍手続きと同意

事業譲渡では、従業員の雇用契約は自動的に引き継がれません。

労働契約の承継には個別同意が必要

譲渡会社から譲受会社へ従業員が移る（転籍する）には、従業員一人ひとりから個別に同意を得る必要があります。まずは譲渡会社との雇用契約を合意解約し、その後、譲受会社と新たに雇用契約を締結するという形をとるのが一般的です。従業員のモチベーション維持のためにも、丁寧な説明と誠実な対応が求められます。

転籍後の労働条件の明示

転籍後の給与や労働時間、役職などの労働条件を明確に提示し、従業員の不安を解消することが不可欠です。

取引先との契約承継手続き

従業員と同様に、取引先との契約も個別の手続きが必要です。

契約上の地位の移転には相手方の同意が必要

売買契約や賃貸借契約など、取引先との契約関係を譲受会社に引き継ぐには、原則としてその取引先の同意が必要です。一社ずつ交渉して、契約の再締結や地位の承継に関する覚書などを取り交わす必要があります。

チェンジオブコントロール（COC）条項の確認

契約書に「会社の支配権が変更された場合に契約を解除できる」といったチェンジオブコントロール（COC）条項が含まれている場合があります。事業譲渡がこの条項に該当しないか、事前に契約内容を確認しておくことが重要です。

許認可の引き継ぎは不可｜再取得が必要

事業譲渡における最大の注意点の一つが、許認可の取り扱いです。建設業許可、宅地建物取引業免許、飲食店営業許可、古物商許可など、事業を行うために必要な許認可は、譲受会社に承継されません。

譲受会社は、自社の名義で新たに許認可を申請し、取得し直す必要があります。許認可の取得には時間がかかる場合が多いため、事業譲渡の効力発生日に間に合うように、早めに準備を開始することが肝要です。

税務・会計上の手続き

事業譲渡は、譲渡側・譲受側双方に税金が発生します。

譲渡会社にかかる税金（法人税・消費税）

• 法人税：事業の譲渡によって得た利益（譲渡価額 － 譲渡資産の簿価）に対して法人税が課税されます。
• 消費税：土地を除く有形資産（建物、機械など）や無形資産（営業権など）の譲渡は、消費税の課税対象となります。

譲受会社にかかる税金（消費税・不動産取得税など）

• 消費税：課税資産の購入に対して仕入税額控除が適用されますが、原則として消費税を支払う必要があります。
• 不動産取得税・登録免許税：不動産を譲り受けた場合に課税されます。

簡易事業譲渡・略式事業譲渡における手続きの特例

事業譲渡の手続きは非常に煩雑ですが、特定の要件を満たす場合には、手続きの一部（株主総会決議）を省略できる特例制度があります。

簡易事業譲渡とは（株主総会決議の省略）

譲渡する資産の帳簿価額が、譲渡会社の総資産額の5分の1（20%）を超えない「軽微な」事業譲渡の場合、譲渡会社は株主総会の特別決議を省略できます。同様に、譲受会社側も、支払う対価が純資産額の5分の1を超えない場合には、株主総会決議を省略可能です。

略式事業譲渡とは（特別支配会社の場合）

譲渡会社または譲受会社が、相手方企業の議決権の90%以上を保有する「特別支配会社」である場合、被支配会社（子会社側）の株主総会決議を省略できます。これにより、グループ企業内での事業再編などを迅速に進めることが可能になります。

個人事業主における事業譲渡の手続き

法人だけでなく、個人事業主も事業譲渡を行うことができます。基本的な流れは法人と似ていますが、手続きや税金面でいくつかの違いがあります。

法人との違いと注意点

個人事業主の場合、株主総会や取締役会といった機関が存在しないため、これらの決議手続きは不要です。意思決定は事業主本人が行います。ただし、従業員の転籍や取引先との契約承継には、法人と同様に個別の同意が必要です。

個人事業主にかかる税金（所得税・消費税）

• 所得税：事業譲渡によって得た利益は「譲渡所得」として扱われ、所得税が課税されます。譲渡所得は他の所得と分離して計算され、所有期間によって税率が異なります（長期譲渡所得・短期譲渡所得）。
• 消費税：課税事業者である場合、法人と同様に課税対象資産の譲渡に対して消費税が課税されます。

事業譲渡の手続きに関するよくある質問

Q. 事業譲渡の手続きはどうやるの？

A. 事業譲渡の手続きは、①専門家への相談と準備、②相手先との交渉と契約締結、③会社法に基づく機関決定（取締役会・株主総会）、④資産や契約の個別移転、⑤登記・許認可の再取得、という流れで進めます。譲渡側・譲受側双方で多くの手続きが必要であり、専門家のサポートが不可欠です。

Q. 事業譲渡にかかる税金はいくらですか？

A. 譲渡会社には、譲渡益に対して法人税等（実効税率約30%）、課税資産に対して消費税（10%）がかかります。譲受会社は、不動産を取得すれば不動産取得税などがかかります。具体的な税額は譲渡価額や資産構成によって大きく異なるため、税理士にご相談ください。

Q. 事業譲渡の3要件とは何ですか？

A. 法律上の明確な定義はありませんが、一般的に事業譲渡が成立するための要素として、①一定の営業目的のため組織化され、有機的一体として機能する財産（のれん、人材、ノウハウ等を含む）の譲渡であること、②譲渡契約が存在すること、③競業避止義務が課されること、などが挙げられることがあります。

Q. 事業譲渡にはどのくらいの期間がかかりますか？

A. 交渉開始から最終的な手続き完了まで、一般的には6ヶ月から1年程度を見込むのが標準的です。事業規模が小さい場合や、関係者の合意形成がスムーズに進めば短縮されることもありますが、許認可の再取得などで想定以上に時間がかかるケースもあります。

まとめ：事業譲渡の手続きは複雑｜専門家への相談が成功の鍵

事業譲渡は、会社法の規定に沿って数多くのステップを踏む必要があり、法務、税務、労務など幅広い専門知識が求められる複雑な手続きです。特に、従業員や取引先の同意取得、許認可の再取得といった実務上のハードルは高く、一つでも手順を誤ると、事業の円滑な引き継ぎに支障をきたすだけでなく、深刻な法的トラブルに発展するリスクもあります。

事業譲渡を成功させるためには、早い段階からM&A仲介会社、弁護士、公認会計士、税理士といった専門家のサポートを受け、計画的かつ慎重に手続きを進めることが何よりも重要です。専門家と連携し、自社にとって最善の形で事業のバトンを渡しましょう。

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免責事項
本記事は、事業譲渡に関する一般的な情報提供を目的としており、法的、税務的、または専門的なアドバイスを提供するものではありません。具体的な案件については、必ず弁護士や税理士などの専門家にご相談ください。本記事の情報に基づいて行われた行為により生じたいかなる損害についても、当方は一切の責任を負いません。